根据对古代蛋白质的分析，2000年代在台湾澎湖海峡发现的一具具有19万至1万年历史的下颌骨化石属于男性丹尼索瓦人。这一发现提供了直接证据，表明丹尼索瓦人生活在多种气候中，从寒冷的西伯利亚山脉到温暖潮湿的台湾亚热带纬度。
艺术家描绘的台湾更新世时期，澎湖丹尼索瓦人在明亮的阳光下行走。图片来源：孙成汉。
哥本哈根大学和高等研究研究生院 (SOKENDAI) 的研究员 Takumi Tsutaya 博士及其同事说：“最近对化石标本的发现和重新分析，加上分子技术和新的年代测定方法的应用，揭示了更新世中晚更新世（现代人类到来之前）东亚古人类的意想不到的多样性。”
“丹尼索瓦人的识别是此类进步的一个重要例子。”
“丹尼索瓦人被认为是一个不同于尼安德特人和现代人类的古人类群体从西伯利亚阿尔泰山脉的丹尼索瓦洞穴中挖掘出的骨骼和牙齿碎片的 DNA。”
“他们的核基因组表明，丹尼索瓦人形成了自己的进化枝，作为尼安德特人的姐妹群体，根据计算，这两个进化枝之间的基因组差异发生在 40 万多年前。”
“遗传证据还表明丹尼索瓦人、现代人类和尼安德特人之间的基因流动。”
“对现代人类群体中渐渗的丹尼索瓦人 DNA 的研究表明，存在多个基因组不同的丹尼索瓦人群体，这些群体曾经广泛分布于东亚大陆，也可能分布在东南亚岛屿的某些地区。”
“然而，在丹尼索瓦洞穴之外，丹尼索瓦人的直接分子证据仅得到了证实。来自青藏高原的一个地点。”
“在夏河白石崖溶洞，已发现下颌骨和肋骨。根据其蛋白质序列，将其识别为丹尼索瓦人。”
贴上标签Penghu 1新的丹尼索瓦人化石是在 2000 年代通过与商业捕鱼相关的疏浚活动在距离台湾西海岸约 25 公里的海底（60 至 120 m 深）收集的。
该地区位于丹尼索瓦溶洞东南4000公里、白石崖溶洞东南2000公里处。
在更新世低海平面时期，它是亚洲大陆的一部分。
研究人员表示：“根据微量元素含量、生物地层证据和过去的海平面变化，澎湖一号的年龄小于45万年，最有可能的年龄范围为10,000至70,000年或130,000至190,000年。”
“澎湖一号的直接铀测年没有成功，因为受到海水中铀的影响。”
Tsutaya 博士及其同事利用古代蛋白质组学分析，从化石中的骨骼和牙釉质中提取了蛋白质，并检索到了 4,241 个氨基酸残基，其中两个是丹尼索瓦人特有的蛋白质变体。
这些变异在现代人群中很少见，但在与丹尼索瓦人基因渗入相关的区域中出现频率较高。
更重要的是，对澎湖一号遗骸的形态分析揭示了一个坚固的颌骨结构，具有大臼齿和独特的根部结构，这些特征与西藏丹尼索瓦人标本中所见的特征一致，表明这些特征是该谱系的特征，并且可能具有性别特异性。
科学家们说：“现在很明显，两个截然不同的古人类群体——小齿尼安德特人，下颌骨高大而纤细，大齿丹尼索瓦人，下颌骨低矮但坚固（作为一个群体或男性角色）——在欧亚大陆中更新世晚期至晚更新世早期共存。”
“由于后一种形态在非洲和欧亚大陆的早更新世晚期至中更新世早期化石中很少见或不存在，因此它们并不像之前所认为的那样是原始保留，而是可能在 40 万多年前与尼安德特人进行遗传分离后在丹尼索瓦人分支中发展或增强。”
“最近来自东南亚岛屿的发现（弗洛勒斯人和吕宋人）和南非（我生来就是个男人）突出该属的多样化进化人属，与导致的谱系形成对比一个聪明人.”
“丹尼索瓦人的牙颌形态可以解释为我们属中发生的另一种独特的进化。”
这结果今天发表在杂志上科学.
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茑屋匠海等人。 2025 年，台湾更新世的雄性丹尼索瓦人下颌骨。科学388（6743）：176-180； DOI：10.1126/science.ads3888
