尽管人类基因组具有尼安德特人DNA的古老片段，但一项新研究的研究人员尚未发现现代男性Y染色体的尼安德特人基因的证据支持尼安德特人和同性恋者的男性后代可能面临的挑战比女性对手更挑战。
较早的研究已经对线粒体DNA进行了测序，该线粒体DNA从尼安德特人的化石中传给了母亲的孩子。这项新研究发表在美国人类遗传学杂志4月7日，是第一个检查尼安德特人Y染色体的人，该染色体专门从父亲传给儿子。
研究人员不确定Y染色体的消失是偶然发生的还是进化情况发生的，但他们认为尼安德特人的Y染色体中的基因可能与人类基因不兼容。
“我们发现的突变的功能性质向我们表明，尼安德特人的染色体序列可能在基因流的障碍中发挥了作用，但是我们需要进行实验来证明这一点，并正在努力计划这些问题，”说Stanford的医学院研究人员Carlos Bustamante。
同样来自斯坦福大学的研究研究员费尔南多·门德斯（Fernando Mendez）解释说，女性的免疫系统可能会攻击一个携带尼安德特人基因的雄性胎儿，这是较小的组织相容性抗原，这些抗原类似于HLA抗原，类似于移植的外科医生必须检查器官和受体受体具有相似的免疫特征。
尼安德特人y染色体的缺失可能归因于妇女始终误导携带它的男性。尽管这是一个未经证实的想法，但现代女性的免疫系统有时会在遗传不兼容时对男性后代有反应。
例如，KDM5D基因的突变在抑制癌症中起作用，早些时候与更大的流产风险有关，因为它可以引起孕妇的免疫反应。
“我们确定了尼安德特人和现代人类Y染色体之间的蛋白质编码差异，包括对PCDH11Y，TMSB4Y，USP9Y和KDM5D的潜在破坏变化。其中三个变化是产生男性特异性较小组织相容性（HY）抗原的基因中的错义突变，”写在他们的研究中。
“其中一个或多个基因的不相容性可能在两组的生殖隔离中发挥了作用。”
该分析还允许研究人员确定大约590，000年前的尼安德特人和智人何时分裂。
