雖然Y染色體在受精過程中與雄性與女性區分開來很重要，但科學家以前認為它沒有其他作用。通過對Y染色體功能的新研究，科學家終於給了染色體應有的信用。
兩項新的研究已經對Y染色體的歷史和功能闡明了新的啟示。研究人員發現，該染色體實際上控制了男性中發現的許多其他功能和表型表達。實際上，研究人員還驚訝地發現，在Y染色體中發現的新發現的遺傳控制機制與男性和女性之間的分化的生產無關。
先前持有的信念表明，Y染色體充當某些男性表型表達的調節劑，例如肌肉質量，男配子的產生和男性聲音的發展。但是，新發現已廣泛擴展了Y染色體的曲目。
新研究是由兩個無關的研究團隊進行的。第一項研究是由洛杉磯瑞士大學的研究人員進行的。為了進行研究，由瑞士研究員Henrik Kaessman領導的團隊對各種哺乳動物的許多Y染色體進行了測序。總體而言，該團隊分析了15種不同物種的遺傳物質。他們的發現被用來創建Y染色體在過去的1.8億年中進化的遺傳路線圖。瑞士隊出版他們在在線日記中的發現自然。
第二項研究是由馬薩諸塞州理工學院（MIT）的不同研究團隊進行的。麻省理工學院小組發現，Y染色體是許多物種（包括人類）持續生存的必要條件。該團隊的發現也發表在自然。
“人類X和Y染色體是從普通的一對常染色體演變而來的，但數百萬年前的遺傳衰減破壞了Y染色體，只有3％的祖先基因倖存下來。”學習由麻省理工學院團隊進行。 “我們重建了Y染色體在八個哺乳動物中的演變，以鑑定基因含量的偏見以及保留了存活祖先基因的選擇性壓力。”
新的科學證據還支持Y染色體在確定男性對某些疾病的易感性方面發揮重要作用的理論。這些疾病敏感性的差異為男性和女性之間提供了另一個明顯的界定。
研究人員還發現，Y染色體也對整個人體的許多不同的器官和身體功能產生了影響。
麻省理工學院小組說：“除了其在睾丸測定和精子發生中的作用外，Y染色體對於男性生存能力至關重要，並且在特納綜合徵中沒有批准的角色以及性別在健康和疾病中的表型差異。”
