幾千年來，人類可以看到的最小的東西大約是人的頭髮。當顯微鏡是在1590年左右發明的時，突然間，我們在水中，食物和鼻子下看到了一個新的生物。
但是目前尚不清楚誰發明了顯微鏡。一些歷史學家說這是漢斯·利珀希（Hans Lippershey），最著名的是申請望遠鏡的第一份專利。其他證據表明，漢斯和扎卡里亞斯·詹森（Hans and Zacharias Janssen）是與利珀希（Lippershey）住在同一城鎮的奇觀製造商團隊。
Janssen還是Lippershey？
漢斯·利珀希（Hans Lippershey），也拼寫為利珀時（Lipperhey），於1570年出生於德國韋瑟爾（Wesel），但搬到了荷蘭（Holland），後來享受了藝術和科學創新時期，稱為荷蘭黃金時代。 Lippershey定居在Middelburg，在那裡他製作了眼鏡，雙筒望遠鏡以及一些最早的顯微鏡和望遠鏡。
漢斯和Zacharias Janssen也住在米德爾堡。歷史學家將顯微鏡的發明歸因於詹森斯，這要歸功於荷蘭外交官威廉·鮑雷爾（William Boreel）的來信。
在1650年代，鮑雷爾（Boreel）寫信給法國國王的醫師，他描述了顯微鏡。鮑雷爾（Boreel）在信中說，扎卡里亞斯·詹森（Zacharias Janssen）在1590年代初就開始給他寫有關顯微鏡的文章，儘管鮑雷爾（Boreel）幾年後才看到了顯微鏡。一些歷史學家認為，漢斯·詹森（Hans Janssen）幫助建立了顯微鏡，因為扎卡里亞斯（Zacharias）在1590年代是一名少年。
早期顯微鏡
早期的詹森顯微鏡是複合顯微鏡，它使用至少兩個鏡片。物鏡鏡頭位於物體附近，並產生圖像，該圖像被第二個鏡頭（稱為目鏡）進一步放大。
米德爾堡博物館（Middelburg Museum）擁有最早的詹森（Janssen）顯微鏡之一，其歷史可追溯至1595年。它有三個滑動管，用於不同的鏡頭，沒有三腳架，並且能夠將真實尺寸的三到九倍放大。有關顯微鏡的新聞迅速在歐洲蔓延。
伽利略·加利利（Galileo Galilei）很快在1609年的複合顯微鏡設計上改進了。伽利略稱他的設備為眨眼或“小眼睛”。
英國科學家羅伯特·胡克（Robert Hooke）也改進了顯微鏡，並探索了雪花，跳蚤，蝨子和植物的結構。他從拉丁牢房中創造了“單元”一詞，意思是“小房間”，因為他將他在軟木塞中看到的細胞與僧侶居住的小房間進行了比較。 1665年，他在書中的觀察中詳細介紹了他的觀察結果。
早期化合物顯微鏡比單晶狀體顯微鏡提供了更多的放大倍數。但是，他們也更扭曲了圖像。荷蘭科學家Antoine Van Leeuwenhoek在1670年代設計了高功率的單鏡頭顯微鏡。有了這些，他是第一個描述狗和人類的精子（或精子）的人。他還研究了酵母，紅細胞，口腔和原生動物的細菌。 Van Leeuwenhoek的單鏡頭顯微鏡可以放大高達實際尺寸的270倍。隨著所有類型的顯微鏡的改善，單晶狀體顯微鏡在1830年代保持良好狀態。
科學家還開發了準備和對比標本的新方法。 1882年，德國醫師羅伯特·科赫（Robert Koch）提出了他的發現結核分枝桿菌S，負責結核病的細菌。科赫繼續利用他的染色技術隔離了負責霍亂的細菌。
最好的顯微鏡在20開始時接近限制Th世紀。傳統的光學（光）顯微鏡無法解析比可見光波長小的對象。但是在1931年，德國科學家恩斯特·魯斯卡（Ernst Ruska）和馬克斯·諾爾（Max Knoll）用電子顯微鏡克服了這一理論障礙。
顯微鏡進化
恩斯特·魯斯卡（Ernst Ruska）於1906年聖誕節那天在德國海德堡（Heidelberg）出生於五個孩子中的最後一個。他在慕尼黑技術學院學習電子學，並繼續在柏林技術學院學習高壓和真空技術。 Ruska和他的顧問Max Knoll博士首先創建了磁場和電流的“鏡頭”。到1933年，兩人建造了一個電子顯微鏡，該電子顯微鏡可以超過當時的光學顯微鏡的放大限制。
恩斯特贏了諾貝爾物理獎1986年的工作。電子顯微鏡可以達到更高的分辨率，因為電子波長小於可見光的波長，尤其是當電子在真空中加速時。
電子和光學顯微鏡在20世紀前進。如今，實驗室可以使用熒光標籤或兩極分化的過濾器查看樣品，或者使用計算機捕獲和分析人眼看不到的圖像。有反射顯微鏡，相對比顯微鏡，共聚焦顯微鏡甚至紫外線顯微鏡。現代顯微鏡甚至可以成像一個原子。
