水生,尾巴的两栖动物称为newts,具有许多重复元素的大基因组。这些元素如何塑造基因组并与Newts独特的再生能力相关。在新研究中,科学家Karolinska研究所在其他地方产生了染色体规模的基因组序列伊比利亚肋骨纽特(Pleurodeles waltl)。
伊比利亚肋骨纽特(Newt流行到西班牙,葡萄牙和摩洛哥。
该物种以其宽阔的扁平头和尖锐的肋骨而闻名,可以穿过侧面。
雄性高达31厘米(12.2英寸),女性高达29厘米(11.4英寸)。来自北非的标本比欧洲人口的标本小。
Karolinska Institute的教授AndrásSimon及其同事说:“伊比利亚肋骨的纽特拥有令人印象深刻的再生阵容,能够重建四肢损失并在包括大脑,心脏和眼睛在内的复杂器官中再生受损的组织。”
“通过高质量的基因组组装和注释,将大大增强该模型物种的使用。”
“但是,这是一个挑战,主要是由于在重复元件序列中的20 GB和相当大的富集。”
作者发现,重复元素占iberian ribbed Newt中基因组含量的74%。
西蒙教授说:“这是一项技术挑战,但我们取得了详细的映射成功,这比任何其他具有相似基因组大小的物种都更全面。”
“我们确定了每个染色体上蛋白质编码和非编码序列的确切位置,” Karolinska Institute Ph.D.学生Ketan Mishra。
“我们还确定了纽特基因组中缺少哪些蛋白质编码基因或比其他物种具有更多的副本。”
“结果是许多领域的研究人员的重要资源,例如基因组进化,再生和发育生物学以及癌症生物学。”
“研究的下一步是专注于功能研究,我们将操纵分子过程,以确定这些过程如何影响再生能力。”
“我们还计划与其他物种进行比较研究,以进一步了解这些机制。”
这发现出现在期刊上细胞基因组学。
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托马斯·布朗等。染色体规模的基因组组装揭示了重复元件如何在NEWT肢体再生过程中塑造非编码RNA景观。细胞基因组学,于2025年1月27日在线发布; doi:10.1016/j.xgen.2025.100761