สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำที่เรียกว่า Newts มีจีโนมขนาดใหญ่ที่มีองค์ประกอบซ้ำหลายอย่าง องค์ประกอบเหล่านี้มีรูปร่างที่จีโนมและเกี่ยวข้องกับความสามารถในการฟื้นฟูที่ไม่ซ้ำกันของ Newts ยังไม่ทราบ ในการวิจัยใหม่นักวิทยาศาสตร์จากสถาบัน Karolinskaและที่อื่น ๆ ผลิตลำดับจีโนมระดับโครโมโซมสำหรับIberian Ribbed Newt (Pleurodeles Waltl--
สีน้ำตาลet al- นำเสนอชุดประกอบโครโมโซมขนาด 20.3 GB จีโนมของ Iberian Ribbed Newt (Pleurodeles Waltl) ด้วยความสมบูรณ์และความสมบูรณ์ในหมู่จีโนมยักษ์ เครดิตภาพ: สีน้ำตาลet al., doi: 10.1016/j.xgen.2025.100761
หรือที่รู้จักกันในชื่อ Gallipato หรือ Ribbed Spanish Newt, Iberian Ribbed Newt เป็นสายพันธุ์ของ Newtเกี่ยวกับโรคประจำถิ่นถึงสเปนโปรตุเกสและโมร็อกโก
สปีชีส์เป็นที่รู้จักกันดีในเรื่องหัวแบนกว้างและซี่โครงคมซึ่งสามารถเจาะผ่านด้านข้างได้
เพศชายวัดได้สูงถึง 31 ซม. (12.2 นิ้ว) และเพศหญิงสูงถึง 29 ซม. (11.4 นิ้ว) ตัวอย่างจากแอฟริกาเหนือมีขนาดเล็กกว่าจากประชากรยุโรป
“ Iberian Ribbed Newt มีบัญชีรายชื่อที่น่าประทับใจซึ่งสามารถสร้างแขนขาที่หายไปและสร้างเนื้อเยื่อที่เสียหายในอวัยวะที่ซับซ้อนรวมถึงสมองหัวใจและดวงตา” András Simon ศาสตราจารย์ของสถาบัน Karolinska กล่าว
“ การใช้สปีชีส์แบบจำลองนี้จะได้รับการปรับปรุงอย่างมากโดยการประกอบจีโนมคุณภาพสูงและคำอธิบายประกอบ”
“ สิ่งนี้เป็นสิ่งที่ท้าทายส่วนใหญ่เกิดจากจาก 20 GB และการตกแต่งอย่างมากในลำดับองค์ประกอบซ้ำ”
ผู้เขียนพบว่าองค์ประกอบซ้ำทำขึ้น 74% ของเนื้อหาจีโนมในไอบีเรียริบบิ้นนิวท์
“ นี่เป็นความท้าทายทางเทคนิค แต่เราประสบความสำเร็จด้วยการทำแผนที่โดยละเอียดซึ่งครอบคลุมมากกว่าในสายพันธุ์อื่น ๆ ที่มีขนาดจีโนมใกล้เคียงกัน” ศาสตราจารย์ไซมอนกล่าว
“ เราพิจารณาตำแหน่งที่แน่นอนของทั้งการเข้ารหัสโปรตีนและลำดับที่ไม่ใช่การเข้ารหัสในแต่ละโครโมโซม” Karolinska Institute Ph.D กล่าว นักเรียน Ketan Mishra
“ เรายังระบุว่ายีนการเข้ารหัสโปรตีนที่หายไปในจีโนมของ Newt หรือมีสำเนามากกว่าสายพันธุ์อื่น ๆ ”
“ ผลลัพธ์เป็นทรัพยากรที่สำคัญสำหรับนักวิจัยในหลายสาขาเช่นวิวัฒนาการจีโนม, ชีววิทยาการปฏิรูปและการพัฒนารวมถึงชีววิทยามะเร็ง”
“ ขั้นตอนต่อไปในการวิจัยคือการมุ่งเน้นไปที่การศึกษาการทำงานซึ่งเราจะจัดการกระบวนการโมเลกุลเพื่อพิจารณาว่าสิ่งเหล่านี้มีผลต่อความสามารถในการปฏิรูปอย่างไร”
“ เราวางแผนที่จะทำการศึกษาเปรียบเทียบกับสายพันธุ์อื่นเพื่อทำความเข้าใจกลไกเหล่านี้ต่อไป”
ที่ผลการวิจัยปรากฏในวารสารจีโนมเซลล์-
-
โทมัสบราวน์et al- การประกอบจีโนมระดับโครโมโซมเผยให้เห็นว่าองค์ประกอบซ้ำ ๆ เป็นรูปทรงของภูมิทัศน์ RNA ที่ไม่ได้เข้ารหัสที่ใช้งานอยู่ในระหว่างการฟื้นฟูแขนขาของ Newtจีโนมเซลล์เผยแพร่ออนไลน์ 27 มกราคม 2568; ดอย: 10.1016/j.xgen.2025.100761
