在几周的时间里，我们都学到了很多和导致它：。 但也有不少传闻。
尽管有关这种病毒的科学文章数量不断增加，但关于其起源仍然存在许多灰色地带。
它发生在哪些动物物种中？ 蝙蝠、穿山甲还是其他野生物种？ 它从何而来？ 来自中国湖北省或其他地方的洞穴或森林？
2019 年 12 月，首批 41 名住院患者中，有 27 人（66%）经过湖北省武汉市中心的一个市场。 但是，根据一个武汉医院进行的研究，发现的第一个人类病例并不经常出现在这个市场上。
反而，基于 SARS-CoV-2 基因组序列的分子测年估计表示起源于十一月。 这引发了人们对这种 COVID-19 之间的联系的疑问。和野生动物。
基因组数据
这SARS-CoV-2 基因组中国研究人员迅速测序。 它是一个核糖核酸大约 30,000 个碱基的分子，包含 15 个基因，包括编码位于病毒包膜表面的蛋白质的 S 基因（作为比较，我们的基因组呈 DNA 双螺旋形式，大小约为 30 亿个碱基，包含约 30,000 个基因）。
比较基因组分析已表明 SARS-CoV-2 属于以下组β冠状病毒并且它非常接近SARS冠状病毒，负责急性流行病它于 2002 年 11 月出现在中国广东省，然后于 2003 年传播到 29 个国家。
总共记录了8,098例病例，其中774例死亡。 据了解，该属蝙蝠菊头蝠属（可能是几个洞穴物种）是该病毒的储存库还有一种小型食肉动物，果子狸（蛤蟆幼虫），可能曾作为中间宿主蝙蝠和第一个人类病例之间。
从那时起，许多β冠状病毒已被发现，主要是在蝙蝠中，但也在人类中被发现。 例如，RaTG13，从该物种的蝙蝠中分离出来与菊头蝠相关最近被描述为与 SARS-CoV-2 非常相似，在中国云南省收集基因组序列96%相同。
这些结果表明蝙蝠，特别是该属的物种菊头蝠属，构成 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 的储存库。
但如何定义水库呢？ 宿主是一种或几种对病毒不敏感或不太敏感的动物物种，自然会宿主一种或多种病毒。
这种疾病没有症状的原因是它们免疫系统的有效性，这使它们能够抵抗过多的病毒增殖。
重组机制
2020年2月7日，我们获悉在穿山甲中发现了一种更接近SARS-CoV-2的病毒。 与 99%报告基因组一致性，这表明比蝙蝠更有可能是宿主。
然而，一个最近的研究正在审查中表明基因组从马来西亚穿山甲中分离出来（甜爪哇）与 SARS-Cov-2 不太相似，只有 90% 的基因组一致性。 这表明穿山甲中分离出的病毒并不是目前肆虐的COVID-19疫情的罪魁祸首。
然而，从穿山甲中分离出的冠状病毒在 S 蛋白的特定区域有 99% 的相似度，该区域对应于 ACE（血管紧张素转换酶 2）受体结合结构域中涉及的 74 个氨基酸，该结构域允许病毒进入人类细胞来感染它们。
相比之下，从蝙蝠中分离出的病毒RaTG13R.相关在此特定区域中差异很大（相似度仅为 77%）。 这意味着从穿山甲中分离的冠状病毒能够进入人类细胞，而从蝙蝠中分离的冠状病毒R.相关不是。
此外，这些基因组比较表明，SARS-Cov-2病毒是两种不同病毒重组的结果，一种接近RaTG13，另一种更接近穿山甲病毒。 换句话说，它是两种预先存在的病毒之间的嵌合体。
这种重组机制有已经描述过冠状病毒，特别是解释 SARS-CoV 的起源。 重要的是要知道重组会产生一种新病毒，有可能感染新的宿主物种。
为了发生重组，两种不同的病毒必须同时感染同一个生物体。
有两个问题仍未得到解答：这种重组发生在哪种生物体中？ （蝙蝠、穿山甲还是其他物种？）最重要的是，这种重组是在什么条件下发生的？
亚历山大·哈桑宁, 索邦大学讲师（HDR），ISYEB - 系统学、进化、生物多样性研究所（CNRS、MNHN、SU、EPHE、UA），国家自然历史博物馆 (MNHN)。
