水生,尾巴的兩棲動物稱為newts,具有許多重複元素的大基因組。這些元素如何塑造基因組並與Newts獨特的再生能力相關。在新研究中,科學家Karolinska研究所在其他地方產生了染色體規模的基因組序列伊比利亞肋骨紐特(Pleurodeles waltl)。
伊比利亞肋骨紐特(Newt流行到西班牙,葡萄牙和摩洛哥。
該物種以其寬闊的扁平頭和尖銳的肋骨而聞名,可以穿過側面。
雄性高達31厘米(12.2英寸),女性高達29厘米(11.4英寸)。來自北非的標本比歐洲人口的標本小。
Karolinska Institute的教授AndrásSimon及其同事說:“伊比利亞肋骨的紐特擁有令人印象深刻的再生陣容,能夠重建四肢損失並在包括大腦,心臟和眼睛在內的複雜器官中再生受損的組織。”
“通過高質量的基因組組裝和註釋,將大大增強該模型物種的使用。”
“但是,這是一個挑戰,主要是由於在重複元件序列中的20 GB和相當大的富集。”
作者發現,重複元素佔iberian ribbed Newt中基因組含量的74%。
西蒙教授說:“這是一項技術挑戰,但我們取得了詳細的映射成功,這比任何其他具有相似基因組大小的物種都更全面。”
“我們確定了每個染色體上蛋白質編碼和非編碼序列的確切位置,” Karolinska Institute Ph.D.學生Ketan Mishra。
“我們還確定了紐特基因組中缺少哪些蛋白質編碼基因或比其他物種具有更多的副本。”
“結果是許多領域的研究人員的重要資源,例如基因組進化,再生和發育生物學以及癌症生物學。”
“研究的下一步是專注於功能研究,我們將操縱分子過程,以確定這些過程如何影響再生能力。”
“我們還計劃與其他物種進行比較研究,以進一步了解這些機制。”
這發現出現在期刊上細胞基因組學。
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托馬斯·布朗等。染色體規模的基因組組裝揭示了重複元件如何在NEWT肢體再生過程中塑造非編碼RNA景觀。細胞基因組學,於2025年1月27日在線發布; doi:10.1016/j.xgen.2025.100761