被稱為蠑螈的水生有尾兩棲動物擁有包含許多重複元件的大型基因組。這些元素如何塑造基因組並與蠑螈獨特的再生能力相關仍然未知。在新的研究中，科學家們卡羅林斯卡學院和其他地方產生了染色體規模的基因組序列伊比利亞肋蠑螈（側耳藻）。
棕色的等人。展示伊比利亞肋蠑螈 20.3 Gb 基因組的染色體規模組裝（側耳藻），巨型基因組之間具有前所未有的連續性和完整性。圖片來源：布朗等人.，doi：10.1016/j.xgen.2025.100761。
伊比利亞肋蠑螈也稱為加利帕託或西班牙肋蠑螈，是蠑螈的一種地方性的西班牙、葡萄牙和摩洛哥。
該物種以其寬而扁平的頭部和鋒利的肋骨而聞名，這些肋骨可以刺穿其側面。
雄性尺寸可達 31 厘米（12.2 英寸），雌性可達 29 厘米（11.4 英寸）。來自北非的樣本比來自歐洲種群的樣本要小。
卡羅林斯卡研究所的安德拉斯·西蒙教授及其同事說：“伊比利亞肋蠑螈擁有令人印象深刻的再生能力，能夠重建失去的四肢，並再生復雜器官中受損的組織，包括大腦、心臟和眼睛。”
“高質量的基因組組裝和註釋將大大增強該模型物種的使用。”
“然而，這一直是一個挑戰，主要是由於20 Gb，並且重複元件序列相當豐富。 ”
作者發現，重複元件佔伊比利亞肋蠑螈基因組含量的 74%。
西蒙教授說：“這是一個技術挑戰，但我們成功地繪製了詳細的圖譜，比具有相似基因組大小的任何其他物種都更全面。”
“我們確定了每條染色體上蛋白質編碼和非編碼序列的確切位置，”卡羅林斯卡研究所博士說。學生科坦·米甚拉。
“我們還確定了蠑螈基因組中缺失的蛋白質編碼基因或比其他物種擁有更多的拷貝數。”
“這些結果對於基因組進化、再生和發育生物學以及癌症生物學等多個領域的研究人員來說是重要的資源。”
“研究的下一步是關注功能研究，我們將操縱分子過程來確定它們如何影響再生能力。”
“我們還計劃與其他物種進行比較研究，以進一步了解這些機制。”
這發現出現在日記中細胞基因組學。
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托馬斯·布朗等人。染色體規模的基因組組裝揭示了重複元件如何塑造蠑螈肢體再生過程中活躍的非編碼RNA景觀。細胞基因組學，2025 年 1 月 27 日在線發布； DOI：10.1016/j.xgen.2025.100761
