这 已经引起了世界的关注不像人们记忆中的任何时间,但新的证据表明,人类甚至从未注意到病毒的广泛存在——即使它就在我们体内。
科学家编制的一个新数据库项目已识别出人类肠道中存在的超过 140,000 种病毒物种,鉴于其中一半以上的病毒此前不为科学所知,这个庞大的目录更加令人震惊。
如果数以万计的新发现病毒听起来令人震惊,那是完全可以理解的。 但研究人员表示,我们不应该误解我们体内这些病毒的实际含义。
“重要的是要记住,并非所有病毒都是有害的,而是代表肠道生态系统不可或缺的组成部分,”解释来自欧洲分子生物学实验室生物信息学研究所 (EMBL-EBI) 和威康桑格研究所的生物化学家 Alexandre Almeida。
“这些样本主要来自没有任何特定疾病的健康个体。”
新的该目录称为肠道噬菌体数据库 (GPD),是通过分析 28,000 多个个体而编制的宏基因组– 从 28 个国家收集的肠道微生物组样本 DNA 测序的公开记录,以及近 2,900 个培养肠道细菌的参考基因组。
结果显示,人类肠道内存在 142,809 种病毒,构成了一种称为“病毒”的特殊病毒。噬菌体,除了感染细菌外,还感染称为古细菌。
在神秘的环境中肠道微生物组– 居住着多种微生物混合物,包括细菌和病毒 – 噬菌体被认为发挥着重要作用,调节细菌和人类肠道本身的健康。
“噬菌体……通过作为水平基因转移载体、编码有益于宿主细菌物种的辅助功能以及促进动态共同进化相互作用,深刻影响微生物群落,”研究人员在他们的新论文中写道。
长期以来,由于我们对噬菌体物种的了解有限,我们对这种现象的认识停滞不前。
近年来,宏基因组分析的新进展显着提高了我们对我们正在研究的病毒品种的认识,也许肠道噬菌体数据库更是如此,研究人员将其描述为“人类肠道噬菌体多样性的大规模扩展” ”。
“据我们所知,这组代表了迄今为止最全面、最完整的人类肠道噬菌体基因组集合,”研究作者写道。
“拥有高质量噬菌体基因组的综合数据库,为以大大提高的分辨率对人类肠道病毒组进行大量分析铺平了道路,使特定的病毒进化枝与不同的微生物组表型相关联。”
该数据库已经在更新我们对病毒行为的了解。
研究表明,超过三分之一(36%)的病毒簇并不局限于感染单一细菌物种,这意味着它们可以在系统发育上不同的细菌物种之间创建基因流网络。
此外,研究人员还发现了 280 个全球分布的病毒簇,其中包括一个新发现的分支,称为 Gubaphage,它似乎是人类肠道中第二流行的病毒分支,仅次于所谓的“Gubaphage”病毒分支。噬菌体团体。
鉴于两者之间存在某些相似性,研究人员最初认为 Gubaphage 可能属于一个拟议的 crAssphage 样病毒家族,然后才确定这两个进化枝实际上是不同的。
还有很多东西需要学习,不仅是关于古巴噬菌体,而且还有比我们敢于梦想的更多的病毒。 不过,多亏了这样的研究工作,明天的发现更近了,新的见解也会更快地出现。
“噬菌体研究目前正在复兴,”说威康桑格研究所的微生物学家特雷弗·劳利。
“这份高质量、大规模的人类肠道病毒目录来得正是时候,可以作为指导未来病毒组研究中的生态和进化分析的蓝图。”
研究结果报告于细胞。