寻找起源故事， 这造成全球近 390 万人死亡的病毒在很大程度上由于无法获得来自病例首次出现的中国的信息而受到阻碍。
现在，西雅图的一名研究人员从 Google Cloud 中挖掘出了已删除的文件，这些文件揭示了一些最早的病例的 13 个部分基因序列。卡尔·齐默 (Carl Zimmer) 在武汉报道纽约时报。
这些序列并没有让关于 SARS-CoV-2 起源的众多理论偏向或背离其中一种——它们并不表明病毒从高度安全的实验室泄露他们也不建议在武汉发生自然溢出事件。
但他们确实证实了这样一种观点，即新型冠状病毒的传播早于海鲜市场的第一次大规模爆发。
有关的：科学打破了 14 个冠状病毒神话
为了准确地确定如何以及在哪里病毒起源后，科学家们需要找到所谓的祖病毒，所有其他病毒株都是从该病毒衍生而来的。
到目前为止，最早的序列主要是从武汉华南海鲜市场的病例中采样的，最初被认为是 2019 年 12 月底新型冠状病毒首次出现的地方。
然而，从 12 月初到 2019 年 11 月的病例与市场没有联系，这表明疫情爆发相当早。大流行病毒是从另一个地方出现的。
第一个基因序列有一个棘手的问题。市场上发现的病例中包含三种突变，这些突变是几周后市场外出现的病例的病毒样本中缺失的。
这缺失这三个突变与更接近地匹配冠状病毒发现于马蹄蝠。科学家们相对确定新型冠状病毒以某种方式从蝙蝠中产生，因此可以合理地假设其祖先也将缺失这些突变。
现在，西雅图霍华德休斯医学研究所的杰西·布鲁姆发现被删除的序列（可能是一些最早的样本）也没有这些突变。 （布鲁姆是 5 月份发表在该杂志上的一封信的主要作者科学敦促对冠状病毒的起源进行公正的调查，生活科学报道.)
布鲁姆告诉记者：“它们与蝙蝠冠状病毒的相似度比华南鱼市的病毒高出三步。”纽约时报。布鲁姆说，这一新数据表明，该病毒早在海鲜市场出现之前就已经在武汉传播。
“这一事实表明，市场序列是基因组流行病学的主要焦点世界卫生组织-中国联合报告......并不代表2019年12月下旬和2020年1月初在武汉传播的病毒，”布鲁姆在6月22日上传到预印本数据库的论文中写道生物Rxiv。
据 Zimmer 称，大约一年前，美国国立卫生研究院 (NIH) 维护的一个名为“序列读取档案”的在线数据库中，有 241 个冠状病毒患者的基因序列丢失。
Bloom 在 2020 年 5 月发表在该杂志上的一项研究中发现电子表格时注意到了缺失的序列同行杂志其中作者列出了截至 2020 年 3 月的 241 个 SARS-CoV-2 基因序列；这些序列是武汉大学一个名为 PRJNA612766 的项目的一部分，据称已上传到序列读取存档。
布鲁姆在尚未经过同行评审的 bioRxiv 论文中写道，他在档案数据库中搜索了这些序列，并得到了“未找到任何项目”的消息。
有关的：11 种（有时）跨物种的致命疾病
他的调查显示，删除的序列是由 Aisu Fu 和武汉大学人民医院收集的，根据这些序列发表的研究预印本（称为 Wang et al. 2020）表明它们来自早期疑似 COVID-19 门诊患者的鼻拭子样本。。
布鲁姆找不到任何解释为什么序列被删除，他向两位通讯作者询问的电子邮件没有得到回复。
“删除没有合理的科学理由：这些序列与 Wang 等人 (2020a,b) 中描述的样本完全一致，”Bloom 在 bioRxiv 中写道。
“这篇论文没有任何更正，论文指出已获得人类受试者的批准，并且测序显示没有质粒或样本间污染的证据。因此，这些序列似乎被删除以掩盖它们的存在。”
布鲁姆指出他的研究存在一些局限性，主要是序列只是部分的，并且不包含提供明确收集日期或地点的信息，而这些信息对于追踪病毒的起源至关重要。
无论如何，Bloom 认为，更深入地研究 NIH 和其他组织的存档数据，并将序列拼凑在一起，有助于更清晰地描绘 SARS-CoV-2 的起源和早期传播，而所有这些都不需要在中国进行实地研究。
阅读有关删除序列的更多信息，请访问纽约时报。
相关内容
