对海洋遗传物质的分析发现了数千种以前未知的 RNA一项新的研究表明,被认为存在的病毒门或生物群的数量增加了一倍我们的 团队 的 研究人员已发表在期刊上科学。
RNA病毒最出名的是疾病它们会引起人类,从普通感冒到。他们也感染植物和动物对人们很重要。
这些病毒在 RNA 中携带遗传信息,而不是 DNA。 RNA病毒以更快的速度发展比 DNA 病毒更有效。虽然科学家已经将数十万个DNA病毒在其自然生态系统中,RNA 病毒的研究相对较少。
然而,与人类和其他由细胞组成的生物体不同,病毒缺乏独特的短 DNA 片段,而这些 DNA 片段可以充当研究人员所说的“DNA 片段”。遗传条形码。如果没有这个条形码,试图区分不同种类的在野外可能具有挑战性。
为了解决这个限制,我们决定鉴定编码特定蛋白质允许病毒复制其遗传物质。它是所有 RNA 病毒共有的唯一蛋白质,因为它在它们的自我繁殖中发挥着重要作用。然而,每种 RNA 病毒在编码蛋白质的基因上都有微小的差异,这种蛋白质可以帮助区分一种病毒和另一种病毒。
因此,我们筛选了四年期间收集的浮游生物 RNA 序列的全球数据库塔拉海洋探险队全球研究项目。浮游生物是任何体积较小、不能逆流游泳的水生生物。它们是海洋食物网的重要组成部分,也是 RNA 病毒的常见宿主。我们的筛选最终确定了超过 44,000 个编码病毒蛋白的基因。
那么,我们的下一个挑战是确定这些基因之间的进化联系。两个基因越相似,具有这些基因的病毒就越有可能密切相关。因为这些序列很久以前就已经进化了(可能早于第一个细胞),表明新病毒可能从共同祖先中分离出来的遗传路标已经随着时间的推移而消失了。
一种形式被称为然而,与手动完成任务相比,它使我们能够系统地组织这些序列并更客观地检测差异。
通过新方法组织的现有五个RNA病毒门。 (扎耶德等人,科学,2022)
我们总共鉴定了 5,504 种新的海洋 RNA 病毒,并将已知 RNA 病毒门的数量从 5 个增加到 10 个,增加了一倍。
在地理上绘制这些新序列表明,两个新门在广阔的海洋区域特别丰富,在温带和热带水域具有区域偏好(塔拉维里科塔,以塔拉海洋探险队命名)或北冰洋(北极星科)。
我们相信塔拉维里科塔可能是研究人员长期以来一直在寻找的RNA病毒进化中缺失的一环,它连接了复制方式不同的两个不同的已知RNA病毒分支。
显示 RNA 病毒在整个海洋分布的地图。 (扎耶德等人,科学,2022)
上图:楔形大小与该区域存在的病毒平均丰度成正比,楔形颜色表示病毒门。
为什么这很重要
这些新序列不仅可以帮助科学家更好地了解RNA病毒的进化历史,还可以帮助科学家更好地了解地球早期生命的进化。
随着新冠肺炎 (COVID-19)研究表明,RNA病毒可以引起致命的疾病。但RNA病毒也发挥着作用在生态系统中发挥重要作用因为它们可以感染多种生物体,包括微生物在化学水平上影响环境和食物网。
绘制出这些 RNA 病毒生活在世界上的哪个位置可以帮助阐明它们如何影响驱动我们星球的许多生态过程的生物体。我们的研究还提供了改进的工具,可以帮助研究人员随着基因数据库的增长对新病毒进行分类。
尚不知道什么
尽管发现了如此多的新 RNA 病毒,但确定它们感染的生物体仍然具有挑战性。研究人员目前还仅限于大部分片段不完整的RNA病毒基因组,部分原因是其遗传复杂性和技术限制。
我们接下来的步骤是弄清楚哪些基因可能缺失以及它们如何随着时间的推移而变化。发现这些基因可以帮助科学家更好地了解这些病毒的工作原理。
吉列尔莫·多明格斯·韦尔塔,微生物学科学顾问,俄亥俄州立大学;艾哈迈德·扎耶德,微生物学研究科学家,俄亥俄州立大学;詹姆斯·韦奈纳,微生物学博士后研究员,俄亥俄州立大学, 和马修沙利文,微生物学教授,俄亥俄州立大学。