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疫黴屬被稱為“植物破壞者”,被認為是最重要的植物病原體之一,在歷史上和今天都造成了重大的經濟和環境損失。 疫黴屬已鑑定超過 200 種。 由於全球貿易、電子商務和旅行速度的不斷加快,這些病原體以及那些尚未識別的病原體可以迅速傳播。 因此,快速識別對於有效的植物病害管理至關重要。
雖然目前存在一些用於疫黴屬鑑定的國際線上資源,但在某些情況下,它們包含提交給國家生物技術資訊中心(NCBI)的不正確序列,該中心向公眾開放,沒有審查過程。 這些不正確的 NCBI 序列已過濾到疫黴屬中,多年來一直存在並倍增。
Z. Gloria Abad 博士和美國農業部動植物衛生檢驗局(APHIS) 植物病原體確認診斷實驗室和害蟲識別技術實驗室的其他成員與相關專家合作近十年,開發了一種替代的、穩健的識別方法避免同類工具陷阱的工具。
阿巴德和同事在期刊上分享了這個名為「IDphy」的創新線上工具病害以便正確及時鑑定疫黴屬物種。
IDphy 是第一個用於分子和形態學鑑定的線上工具,它使用前模式培養物的數據,這些前模式培養物是原始模式標本的副本(主要是存放在單一植物標本館收藏中的單一幹培養物)進行識別。 與其他僅依賴照片、序列或描述的資源相比,這提高了其可靠性和準確性。 該線上工具涵蓋了所有描述的物種,主要關注那些導致經濟和疾病的物種。。
此外,IDphy 還包括互動式 Lucid 鍵和表格鍵; 包含每個物種的結構和分子特徵資訊的情況說明書; 關於新物種和雜交描述的信息,以及標本的狀態和前類型的全基因組序列的可用性; A(Android 和 iOS 免費); 以及基於計算機的模型和七個基因的系統發育序列分析。
這些功能將定期更新,使 IDphy 成為準確鑑定疫黴屬物種的綜合性「一站式商店」。 阿巴德解釋說:“準確識別植物病原體的能力對於這些生物體的生物學和生態學研究至關重要,旨在製定植物病害管理策略。”
「透過提供對疫黴屬物種資訊(包括分子和形態特徵)的大型資料庫的訪問,IDphy 可以幫助研究人員快速、準確地識別他們正在研究的物種。這反過來又可以透過減少時間和精力來幫助加速研究需要進行準確的識別。
該工具也將成為診斷實驗室識別疫霉的巨大資產阿巴德說,這是減少對農業和環境影響的重要第一步。
IDphy 的發展可以顯著影響農業和自然生態系統中植物病害的診斷和管理,並有望激勵世界各地的研究人員為其他植物病原體開發類似的資源。
美國植物病理學會提供
引文:疫黴屬「植物破壞者」與新的識別工具相遇(2023 年,5 月24 日),檢索於2024 年5 月29 日https://webbedxp.com/science/jamaal/news/2023-05 -phytophthora-destroyer-identification-工具.html
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